Враг врага не может и не должен становиться другом, но иногда жизнь толкает и не на такие компромиссы. В прошлом сезоне боевика «Игра» ФСБшник Павел Белов сумел наказать грабителя и убийцу Алексея Смолина, просчитать его хитрые планы и посадить в тюрьму пожизненно. Хитрец и комбинатор Смолин и умница и шахматист Белов вели «игру интеллектов», которая дала название сериалу. По названию второго сезона видно, что Смолин «выкрутился», избежал заключения и вернулся взять реванш. Однако, такой сюжет был бы банален, и второй части грозил бы провал. Нет, на этот раз «интеллекты» станут союзниками в борьбе с сильным, хитрым и опасным противником - Грачевым.
Сначала Павел, которого жена «выпихнула» на более безопасную работу, увидел в толпе Смолина и решил, что «великий комбинатор» пришел «отыграться». Однако, друг по бывшей работе успокоил Белова: Смолину больше неинтересен бывший враг, вору помогли освободиться «влиятельные люди», чтоб тот спас их от рейдеров. А чтобы такой прирожденный убийца стал «машиной для исполнения заказов», глава холдинга украл и дочку исполнителя, и сына бывшего ФСБшника. Враги вынуждены быть если не друзьям, то союзниками ради своих детей.
В последних сериях показаны операции по освобождению заложников. Белов всему, что знал сам, научил агента Кристину, чтоб внедрить ее в окружение главы компании, а в это время Смолин подстраивает смерть жены Грачева, чтоб он тоже потерял любимого и родного человека.